Innumerevoli fattori concorrono a influenzare la visibilità online di un sito web: si parla tanto di contenuti, backlink e altri tweaks di ottimizzazione ma spesso si trascura la struttura del sito. Un sito ben organizzato e facile da navigare aiuta sia gli utenti a trovare rapidamente ciò che cercano che i crawler dei motori di ricerca a comprendere più velocemente e meglio il contenuto.

I due tipi di struttura più comuni sono le strutture "profonde" e le strutture "piatte". 
Le prime sono caratterizzate da una gerarchia dei contenuti più elaborata e richiedono quindi un maggior numero di click per accedere alle pagine di dettaglio; le seconde invece richiedono non più di 2/3 di click per accedere a qualsiasi pagina.
Strutture eccesivamente profonde richiedono all'utente e ai crawler troppo tempo per trovare i contenuti cercati.

In linea generale, in siti con meno di 10.000 pagine tutti i contenuti dovrebbe essere accessibili con un massimo di quattro clic dalla home page.

Per realizzare un sito ben strutturato, oltre a distribuire i contenuti all'interno delle sezioni in modo logico e ordinato è necessario studiare un sistema di navigazione coerente e di facile comprensione: ad esempio un menù principale per collegare le sezioni di primo livello con eventuali sotto menù (a tendina o comparsa o con altre soluzoni graficamente accattivanti) per raggiungere le sezioni di secondo/terzo livello. Si possono poi utilizzare dei menù contestuali per muoversi tra le pagine contenute all'interno della stessa sezione.

Una buona soluzione può essere quella di predisporre dei collegamenti rapidi per raggiungere sezioni annidate ma che si desidera evidenziare.